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Aug 10, 2023

Performances de RT salivaire rapide et connectée

Scientific Reports volume 12, Numéro d'article : 2843 (2022) Citer cet article 2457 Accès 7 Citations 10 Détails d'Altmetric Metrics Dans le contexte de la réouverture des événements sociaux et de la relance économique,

Rapports scientifiques volume 12, Numéro d'article : 2843 (2022) Citer cet article

2457 Accès

7 citations

dixAltmétrique

Détails des métriques

Dans le contexte de la réouverture des événements sociaux et de la relance économique, la surveillance sanitaire de l'infection par le SRAS-CoV-2 reste nécessaire. Ici, nous avons évalué les performances diagnostiques d’un test d’amplification isotherme à médiation par boucle de transcription inverse (RT-LAMP) rapide, sans extraction et connecté sur la salive. Des écouvillons nasopharyngés (NP) et de la salive de 443 patients ambulatoires ont été collectés simultanément et testés par PCR quantitative à transcription inverse (RT-qPCR) comme test standard de référence. Soixante et onze individus (16,0 %) étaient positifs par NP et/ou RT-qPCR salivaire. La sensibilité et la spécificité de la RT-LAMP salivaire étaient respectivement de 85,9 % (IC à 95 % : 77,8 à 94,0 %) et 99,5 % (98,7 à 100 %). Les performances étaient similaires pour les participants symptomatiques et asymptomatiques. De plus, les variantes génétiques du SRAS-CoV-2 ont été analysées et aucune mutation dominante dans la région de l'amorce RT-LAMP n'a été observée pendant la période de l'étude. Nous avons démontré que ce test RT-LAMP sur la salive auto-collectée est fiable pour la détection du SRAS-CoV-2. Ce test connecté simple avec option de transfert automatique des résultats aux autorités sanitaires est unique et ouvre la voie à la sécurisation des événements professionnels et sociaux dans un contexte actuel de redémarrage économique.

La pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) nécessite un diagnostic rapide, précis et évolutif pour éviter la propagation de la maladie et rouvrir la société en toute sécurité. La réaction en chaîne par polymérase quantitative par transcription inverse (RT-qPCR) et la détection d'antigènes sont les principales méthodes de diagnostic utilisées pour le diagnostic de l'infection par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), la RT-qPCR étant l'étalon-or validé. Ce test nécessite des instruments spécialisés et coûteux, du personnel formé et des réactifs limités. La RT-qPCR nécessite l’extraction de l’ARN, ce qui constitue une étape fastidieuse et renvoie normalement les résultats 24 h après le prélèvement de l’échantillon.

La RT-LAMP (amplification isotherme médiée par boucle de transcription inverse) est une technologie rapide et portable ne nécessitant ni analyste hautement qualifié ni instruments spécialisés (normalement, seule une source de chaleur est nécessaire), ce qui fait de cette technologie une alternative à la RT-qPCR.

Les écouvillons nasopharyngés (NP) et oropharyngés (OP) sont les échantillons les plus couramment utilisés pour le diagnostic de l’infection par le SRAS-CoV-2. Le prélèvement d'écouvillons NP et OP est invasif, douloureux et expose le personnel soignant à une contamination1. En revanche, l’auto-prélèvement de salive est simple, non invasif et particulièrement adapté aux tests chez les enfants et les personnes âgées. De plus, la collecte de salive ne nécessite pas de matériel spécialisé et dispense de l'utilisation d'équipements de protection individuelle, ce qui permet d'économiser du temps et des coûts. Le prélèvement de salive étant bien accepté2,3, il constitue un échantillon adéquat pour les tests de masse et à domicile.

De même, le SRAS-CoV-2 a été détecté à des charges élevées dans la salive d’individus symptomatiques et asymptomatiques et il a également été démontré qu’il infecte les cellules cibles4,5,6,7,8,9,10,11. Des études comparant la salive et les NPS à l’aide de tests d’amplification des acides nucléiques (TAAN) ont montré des sensibilités variant de 69,2 à 100 %5,6,8,12,13. Une méta-analyse récente suggère que les précisions diagnostiques de la salive et du NPS NAAT sont similaires14.

La situation sanitaire mondiale liée au COVID-19 reste hétérogène, principalement en raison des diverses politiques, ressources et stratégies de vaccination anti-pandémiques15. Pour les prochains mois, la stratégie de réouverture et de relance des événements sociaux et professionnels sera centrale. Outre la surveillance de la pandémie à moyen et long termes, le dépistage de la population reste important car l’immunité vaccinale et l’immunité naturelle sont imparfaites et la distanciation sociale est plus flexibilisée16. À cette fin, outre les approches de surveillance collective (par exemple le dépistage des virus dans les eaux usées), les autorités recherchent des systèmes de dépistage individuel plus acceptables et plus efficaces par la population. Par conséquent, les spécifications idéales du test de virus individuel sont : (1) Un échantillonnage simple et indolore pour éviter toute réticence de la population à effectuer des tests récurrents, (2) Un test facile, rapide et peu coûteux pour le rendre utilisable à très grande échelle et dans toutes les conditions, y compris sans laboratoires et expertises spécialisés, (3) Sensibles et spécifiques pour apporter la sécurité et (4) Être connectés en temps réel pour permettre une information individuelle immédiate ainsi qu'un suivi par les autorités locales ou nationales17. Ce dernier point est central pour sécuriser les événements ou les installations professionnelles pour reprendre les activités. Le développement d’une RT-LAMP salivaire rapide qui répond à la plupart de ces points pour la détection du SRAS-CoV-2 constituerait un pas en avant dans le déploiement d’un test au point d’intervention pour rouvrir en toute sécurité les économies et prévenir de futures épidémies.