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Aug 13, 2023

Identification du nouveau pathogène potentiel Trueperella pecoris avec une signification interspécifique par diagnostic LAMP

Scientific Reports volume 13, Numéro d'article : 14005 (2023) Citer cet article 504 Accès 2 Détails Altmetric Metrics Trueperella pecoris a été décrite comme une nouvelle espèce du genre Trueperella dans

Rapports scientifiques volume 13, Numéro d'article : 14005 (2023) Citer cet article

504 accès

2 Altmétrique

Détails des métriques

Trueperella pecoris a été décrite comme une nouvelle espèce du genre Trueperella en 2021 et pourrait être pathogène pour diverses espèces animales. Cependant, l’absence d’un système de tests de diagnostic approprié fait obstacle aux enquêtes épidémiologiques visant à clarifier les causalités possibles. Dans cette étude, un test d’amplification isotherme à médiation par boucle (LAMP) a été développé et validé, hautement spécifique pour T. pecoris. Le test a fourni une sensibilité analytique de 0,5 pg/25 µL et a montré une inclusivité et une exclusivité de 100 % pour 11 souches cibles et 33 souches non cibles, respectivement. Trois méthodes différentes d'extraction d'ADN ont été évaluées pour sélectionner la méthode la plus compatible avec LAMP pour la perturbation cellulaire dans des échantillons purs et complexes. En utilisant une extraction d’ADN à tampon unique applicable sur site avec chauffage supplémentaire, la limite de détection cellulaire était de 2,3 UFC/réaction. Enfin, le test LAMP a été validé au moyen d'échantillons de tissus pulmonaires porcins artificiellement contaminés dans lesquels des charges microbiennes minimales comprises entre 6,54 et 8,37 × 103 UFC par échantillon d'écouvillon étaient détectables. Le test LAMP établi dans cette étude représente une procédure de diagnostic appropriée pour identifier T. pecoris dans des échantillons cliniques et aidera à collecter des données épidémiologiques sur la pathogénicité de cette espèce.

En 2021, Trueperella (T.) pecoris a été introduite comme nouvelle espèce du genre Trueperella par Schönecker et al.1. Des souches ont été isolées à partir de spécimens de bovins laitiers souffrant de mammite ou d'avortement et d'un porc mort présentant une pleurésie fibrineuse et une bronchopneumonie suppurative lors de l'autopsie. En plus de cette bactérie, d’autres agents pathogènes potentiels ont également été co-isolés, de sorte qu’un lien étiologique n’a pas pu être prouvé, mais n’a pas non plus pu être exclu. Sur la base des enquêtes anamnestiques et des résultats des examens culturels, les auteurs soupçonnent au moins une implication probable de T. pecoris dans la pathogenèse des cas de mammite décrits dans cette étude1. Cependant, d'autres espèces du genre Trueperella, telles que T. abortisuis et T. pyogenes, ont également été associées à des manifestations pathologiques chez le porc, notamment un avortement ou une inflammation de plusieurs organes2,3. Récemment, une autre souche de T. pecoris a été isolée de la vestibulite nécrotique d'un chameau4.

Hormis les origines décrites précédemment des isolats bactériens et leurs caractéristiques phénotypiques et génotypiques, aucune information n'est disponible sur cette nouvelle espèce de Trueperella. Sa répartition et son importance pathogène restent floues, d'autant plus qu'il manque des méthodes de détection pratiques, spécifiques et fiables. L'examen culturel suivi de la différenciation biochimique et du séquençage du gène de l'ARNr 16S, tel que décrit par Schönecker et al.1, peut déjà offrir des possibilités d'identification de T. pecoris, mais nécessite beaucoup de travail et de temps. Pour étudier efficacement l’épidémiologie de cet agent pathogène potentiel, des méthodes de diagnostic rapides adaptées au dépistage d’un grand nombre d’échantillons hétérogènes sont nécessaires.

Dans la mesure où des informations détaillées sur les séquences de diverses souches de T. pecoris sont disponibles1, le développement de méthodes de détection moléculaire, par exemple basées sur l'amplification isotherme à médiation par boucle (LAMP), devrait être envisagée. Cette technique a été introduite en 20005 et a depuis suscité beaucoup d’attention dans la communauté scientifique. Par rapport aux méthodes alternatives comme la PCR, LAMP permet une amplification rapide et continue à température constante, éliminant ainsi le besoin d’un dispositif de thermocyclage coûteux et non portable6. De plus, la méthode s’est révélée très spécifique et sensible dans la détection de cibles génomiques tout en étant robuste aux composants inhibiteurs présents dans divers échantillons7, 8. Les réactions peuvent être réalisées à faible coût, par exemple à l’aide d’un bloc chauffant9. Pour la détection ultérieure des produits LAMP, différentes méthodes sont disponibles, qui reposent souvent sur un changement de couleur visible ou une turbidité générée10. Outre les options peu coûteuses pour mettre en œuvre cette méthode, qui peuvent être très utiles dans des environnements de laboratoire limités, il existe également des fluoromètres ou des turbidimètres portables en temps réel disponibles sur le marché11,12. Ceux-ci offrent des fonctionnalités supplémentaires telles que la surveillance en temps réel de la réaction LAMP ou la génération de courbes de fusion pour évaluer la spécificité d'un produit LAMP.